Einzelne Verkehrspolitiker in Baden-Württemberg und in Vorarlberg befürchten mit je einer Anfrage in den beiden Landtagen, dass die eigenen Interessen bei der Bahnhofsplanung in Lindau zu wenig berücksichtigt werden. Dort ist der Inselbahnhof heute der wichtigste Knotenpunkt im Osten des Bodensees, an dem drei Bahnlinien mit Regional- und Interregionalverkehr optimal mit einander verkmüpft sind. In diesem Kopfbahnhof kann mit kurzen Fusswegen ebenerdig und bequem auf alle anderen Züge, die Schiffe und die Busse umgestiegen werden. Der Erhalt dieses Bahnhofs war jahrzehntelang umstritten und erst im letzten Jahr haben sich die zuständigen Partner in Bayern (Stadtverwaltung Lindau, DB Netz, Bayerische Eisenbahn-Gesellschaft BEG und Verkehrsministerium) auf einen Kompromiss mit einem kleineren Bahnhof in Reutin geeinigt. Dieser Kompromiss ist aber in der Stadt Lindau immer noch umstritten und deshalb waren die Abstimmungen mit Baden-Württemberg und Vorarlberg über einen Fahrplan nach der Elektrifizierung der Allgäu- und der Südbahn noch nicht möglich. Die "Initiative Bodensee-S-Bahn" befürwortet die bisherigen Planungsergebnisse bis auf einzelne Details und hat diese Position in einem Brief an den Verkehrsminister von Baden-Württemberg detailliert begründet.
